Alles über FASTA-Dateien

Der Dateityp FASTA ist vor allem der Software DNA Baser Assembler zugeordnet.

FASTA	Dateierweiterung: FASTA
	Dateityp:	Dna- Und Protein-Sequenzdatei

Was ist eine FASTA-Datei?

FASTA Dateien gehören meistens zu DNA Baser Assembler von Heracle BioSoft SRL. Die Dateierweiterung FA ist das wissenschaftliche Standarddateiformat, das in den Bereichen Bioinformatik und Biochemie verwendet wird. Es ist im Volksmund als das Dateiformat FASTA bekannt.

• Hauptverwendung: Das FA-Dateiformat wurde ursprünglich als Teil des FASTA-Softwarepakets eingeführt und ist seitdem als Industrienorm für die Darstellung von Nukleotiden und Proteinsequenzen anerkannt. Die Sequenzdaten in der FA-Datei liegen in einem Klartextformat vor, wodurch es für den Benutzer auch leicht verständlich ist, die Datei zu lesen. Die Manipulation und das Parsen der FASTA-Sequenz kann leicht mit Standard-Textprozessoren und skriptbasierten Programmiersprachen wie R, Python, Perl und Ruby durchgeführt werden. Das Dateiformat FA kann mehrere Nukleotid-/Proteinsequenzen speichern und wird daher auch als FASTA-Datenbankformat bezeichnet. FA-Dateien können mit den meisten DNA-Analysesoftwares auf dem Markt analysiert werden.
• Funktionen: FA-Dateien beginnen normalerweise mit einer Kopfzeile, die Folgendes enthält: Kommentare oder andere beschreibende Informationen in Bezug auf die Sequenz. Die erste Zeile in einer FA-Datei beginnt normalerweise mit einem >-Symbol, gefolgt vom Namen der Sequenz. Die folgende Zeile enthält die Nukleotid- oder Peptidsequenz bestehend aus A, T, G und C inline mit dem IUPAC-Code. Jede Zeile kann aus maximal 80 Zeichen bestehen.

Wie öffne ich eine FASTA-Datei?

Zum Öffnen einer FASTA-Datei benötigst du eine geeignete Software wie DNA Baser Assembler. Andernfalls erhältst du eine Windows-Meldung „Wie soll diese Datei geöffnet werden?“ oder „Die folgende Datei kann nicht geöffnet werden“ oder eine ähnliche Mac-, iPhone-, Android-Warnmeldung. Wenn du die FASTA-Datei nicht korrekt öffnen kannst, versuche es mit einem Rechtsklick oder durch langes Drücken auf die Datei. Klicke dann auf „Öffnen mit“ und wähle eine Anwendung aus. Du kannst eine FASTA Datei auch direkt im Browser anzeigen:. Ziehe die Datei einfach auf dieses Browserfenster und lasse sie fallen.

FASTA Datei öffnen und enthaltene Texte ansehen

Wähle eine .fasta-Datei zum Anzeigen

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Wie man Texte aus FASTA Dateien extrahiert oder ein Screenshot erstellt PDF, JPG, DOCX, TXT, ...

1. Dazu klicke auf dieser Seite die "Wähle eine .fasta-Datei zum Anzeigen"-Schaltfläche.
2. Anschließend wird deine FASTA-Datei im Browser angezeigt.
3. Klicke nun oben auf der Seite auf "Speichern unter...".
4. Wähle dann dein bevorzugtes Dateiformat, z.B. JPG, PDF, DOCX, TXT, etc.
5. Downloade die umgewandelte Datei.

Details zum FASTA-Format:

Wenn das Dateiformat ermittelt werden kann, lässt sich auch das zugehörige Programm finden. Die ersten Zeichen einer Datei heißen Signatur, manchmal auch Magic Bytes. Aus der Signatur kann auf das Dateiformat geschlossen werden. Häufig verwenden verschiedene Programme dieselbe Dateierweiterung für unterschiedliche Dateiformate, und ein Dateiformat kann unter unterschiedlichen Dateierweiterungen geführt werden. Wenn es ein Problem mit einer Datei gibt, besteht der erste Schritt zur Lösung darin, das Dateiformat zu bestimmen. Bei der Untersuchung mehrerer FASTA-Dateien stellt man Folgendes fest::

Die Erweiterung FASTA ist sehr verbreitet und wird von vielen Programmen verwendet, jedes mit seinem eigenen Dateiformat. Die zwei beliebtesten Formate sind wie folgt:

• 15% aller FASTA-Dateien verwenden das gleiche Dateiformat mit Signatur 3E 4E. Diese Dateien enthalten Text und Wörter, keine binären Daten. Die meisten dieser Dateien sind 1 KB bis 5 MB groß. Der Dateityp ist sehr jung. Einige Beispiele für Dateinamen sind sequence.fasta.
• Bei 6% aller FASTA Dateien lauten die für dieses Dateiformat typischen Bytes: 3E 4D. Diese Dateien sind Klartext, was bedeutet, dass sie mit jedem Texteditor wie Notepad in Windows, Nano für Linux und TextEdit für macOS angezeigt werden können. Die meisten dieser Dateien sind 550 bytes bis 130 KB groß. Beispiele für Dateinamen sind sequence.fasta oder sample.fasta.

Die verbleibenden 79% aller FASTA-Dateien sind unterschiedliche Dateien mit unterschiedlichen Signaturen. die folgenden 40 Formate existieren: ZIP und Chain. Du kannst alle Details deiner FASTA-Datei abrufen, indem du sie auf diese Seite ziehst oder oben auf die Schaltfläche "Wähle eine .fasta-Datei zum Anzeigen" klickst.