Eine GTF-Datei öffnen

Der Dateityp GTF ist vor allem der Software Cufflinks zugeordnet.

GTF	Dateierweiterung: GTF
	Dateityp:	Textdatei

Was ist eine GTF-Datei?

GTF Dateien gehören meistens zu Cufflinks. GTF-Dateien werden hauptsächlich in der Bioinformatik als Genannotationsdateien verwendet. Sie speichern Details zur Genstruktur, wie beispielsweise Exonpositionen, Transkriptgrenzen und weitere Merkmale.
Jede Zeile in einer GTF-Datei folgt einem tabulatorgetrennten Format mit Spalten für die Quelle, die Art des Merkmals, Start- und Endkoordinaten sowie zusätzliche Attribute.

Hauptverwendung: Speicherung von Genübertragungsdaten für Genomikprojekte.

Übliche Werkzeuge: Programme wie GENCODE, Cufflinks und Ensembl verarbeiten diese Dateien routinemäßig.

Anzeigen: Sie können mit jedem Texteditor (wie Notepad++) geöffnet werden, aber spezialisierte Bioinformatik-Software bietet eine strukturiertere Ansicht.

FilExt.com Tipp: Dieses Dateiformat besteht aus einfachem Text und ist manchmal komprimiert (z. B. mit GZIP). Während einige wenige GTF-Dateien beispielsweise für Texturen, GIS-Ausgaben oder sogar Schriftartdaten genutzt werden, stellen die meisten Genannotationsdaten dar, die zur Verwaltung von Genom-Informationen dienen.

Wie öffnet man eine GTF-Datei?

Zum Öffnen einer GTF-Datei benötigst du eine geeignete Software wie Cufflinks. Andernfalls erhältst du eine Windows-Meldung „Wie soll diese Datei geöffnet werden?“ oder „Die folgende Datei kann nicht geöffnet werden“ oder eine ähnliche Mac-, iPhone-, Android-Warnmeldung. Wenn du die GTF-Datei nicht korrekt öffnen kannst, versuche es mit einem Rechtsklick oder durch langes Drücken auf die Datei. Klicke dann auf „Öffnen mit“ und wähle eine Anwendung aus. Du kannst eine GTF Datei auch direkt im Browser anzeigen:. Ziehe die Datei einfach auf dieses Browserfenster und lasse sie fallen.

GTF Datei öffnen und enthaltene Texte ansehen

Wähle eine .gtf-Datei zur Analyse

oder hier draufziehen (Drag-&-Drop)

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GTF Dateiformat:

Jede Datei hat ein genau definiertes Dateiformat, d.h. eine ganz bestimmte Anordnung der Daten in dieser Datei. Ein Dateiformat wird durch die Dateierweiterung und Signatur bestimmt, JPEG-Bilder haben z.B. die Erweiterung .jpg und die ersten Bytes in der Datei sind ÿØÿ. Wenn die Dateierweiterung nicht mit dem Dateiformat übereinstimmt, führt ein Doppelklick auf diese Datei beim Öffnen zu einem Fehler. Eine genaue Kenntnis des Formats ist daher wichtig, um Probleme mit Dateien zu lösen. Hier nun unsere Analyse von GTF-Dateien:

Die Dateiendung GTF ist weit verbreitet und enthält viele verschiedene Dateiformate. Die Dateiformate, die am häufigsten in GTF-Dateien gefunden werden, sind:

• 15% aller GTF-Dateien beginnen mit den magischen Bytes chr, die immer die ersten Bytes dieses Dateiformats sind. Der Inhalt dieser Dateien kann sogar von einem Menschen gelesen werden. Eine typische Dateigröße ist 150 MB. Dieser Dateityp bietet Spitzentechnologie. Die Dateien enthalten die folgenden Wörter: gene_id, transcript_id, exon, chr1, gene_name und transcript. Der Dateiname hg38.ensGene.gtf ist typisch für diese Dateien.
• 15% aller GTF-Dateien beginnen mit den magischen Bytes 23 23, die immer die ersten Bytes dieses Dateiformats sind. Diese Dateien sind Textdateien, sie enthalten also Wörter und Text. Die Dateigröße liegt im Bereich von 3 MB bis 1 GB. In den Dateien sind folgende Texte zu finden: Ensembl, ##description: evidence-based, ##provider: GENCODE, ##format: gtf, date, evidence-based annotation of the human genome, human genome, gene, (GRCh38), version, ##contact: gencode-help-ebi-ac.uk, HAVANA und chr1. Ein gebräuchlicher Dateiname ist gencode.v22.annotation.gtf.

Alle anderen GTF-Dateien (70%) haben kein einheitliches Format, die folgenden 12 Formate können gefunden werden: GZIP, gen, Geological, tring und gtf. Wenn du herausfinden möchtest, zu welchem Format deine GTF-Datei gehört, klicke bitte auf den Button "Wähle eine .gtf-Datei zur Analyse".