Eine BED-Datei öffnen

Der Dateityp BED ist vor allem der Software Integrated Genome Browser zugeordnet.

BED	Dateierweiterung: BED
	Dateityp:	Genomische Datendatei

Was ist eine BED-Datei?

BED Dateien gehören meistens zu Integrated Genome Browser von The University of North Carolina at Charlotte. BED-Dateien werden in der Bioinformatikforschung verwendet und können vom UCSC Genome Browser verarbeitet werden.

Funktionen: BED ist ein Akronym für Browser Extensible Data. Es wird verwendet, um genomische Daten und verknüpfte Anmerkungen in einem Textformat zu speichern. Die BED-Dateien sind tabulatorgetrennte Dateien und besitzen eine Zeile mit zugewiesenem Abstand für jede genomische Region. Die Anzahl der Felder in jeder Zeile muss über jeden einzelnen Datensatz in einer Anmerkungsspur hinweg einheitlich sein. Jede dieser Zeilen enthält drei Pflichtfelder zur Beschreibung einer genomischen Region mit der Möglichkeit, bis zu neun zusätzliche Felder mit Tabulatoren als Trennzeichen hinzuzufügen. Diese optionalen Felder können verwendet werden, um Informationen wie die genomische Region, den Score und die Strangorientierung (+/-) hinzuzufügen, aber es ist immer erforderlich, die Felder mit den niedrigeren Zahlen auszufüllen, bevor zu den Feldern mit den höheren Zahlen übergegangen wird. Das erste der drei obligatorischen BED-Felder wird verwendet, um das Chromosom zu bestimmen. Das zweite und dritte Pflichtfeld werden verwendet, um die Anfangs- und Endpositionen der genomischen Region anzugeben.
Annahme: BED-Dateien können mit bedtools gelesen und geändert werden, einer befehlszeilenbasierten Anwendung, die auf UNIX LINUX- und Apple OS X-Umgebungen ausgeführt werden kann. IGV (Integrative Genomics Viewer) ist eine JAVA-basierte Anwendung, die zur Verarbeitung von BED-Dateien verwendet werden kann. UCSC Genome Browser ist ein webbasierter Browser, auf den die Daten aus den BED-Dateien geladen werden können.

Wie öffnet man eine BED-Datei?

Zum Öffnen einer BED-Datei benötigst du eine geeignete Software wie Integrated Genome Browser. Andernfalls erhältst du eine Windows-Meldung „Wie soll diese Datei geöffnet werden?“ oder „Die folgende Datei kann nicht geöffnet werden“ oder eine ähnliche Mac-, iPhone-, Android-Warnmeldung. Wenn du die BED-Datei nicht korrekt öffnen kannst, versuche es mit einem Rechtsklick oder durch langes Drücken auf die Datei. Klicke dann auf „Öffnen mit“ und wähle eine Anwendung aus. Du kannst eine BED Datei auch direkt im Browser anzeigen:. Ziehe die Datei einfach auf dieses Browserfenster und lasse sie fallen.

BED Datei öffnen und enthaltene Texte ansehen

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oder hier draufziehen (Drag-&-Drop)

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Programme, mit denen BED-Dateien geöffnet und konvertiert werden können:

Integrated Genome Browser von The University of North Carolina at Charlotte
Weitere Informationen über die Hauptanwendung findest du in den vorherigen Absätzen. BED-Dateien werden oft als Integrated Genome Browser Data-Dateien bezeichnet, da dieser Dateityp vor allem mit dieser Software erstellt bzw. darin verwendet wird.
InfoSnorkel (Internet-Datendatei) von Blue Elephant
BED ist die Dateierweiterung, die mit InfoSnorkel verbunden ist, einer Anwendung, die es Benutzern ermöglicht, Nachrichtenseiten anzupassen. Die Datei enthält Daten, die wahrscheinlich aus einer Webseite extrahiert wurden. Das Dateiformat wird klassifiziert als Web (source).
RegionMiner (Datei Der Genomischen Regionen) von Genomatix Software GmbH
RegionMiner ist eine ältere Genomanalyse-Software von Genomatix Software.Die Erweiterung BED ist mit RegionMiner verknüpft und besteht aus Daten, die zu den vom Programm analysierten Genomdaten gehören, mit einer Zeile für jede genomische Region. Das Dateiformat wird klassifiziert als Data. Zugehörige Links: BED Dateiformat

BED Dateiformat:

Jede Datei hat ein festgelegtes Dateiformat, welches besagt wie die Daten in der Datei abgespeichert werden. Die ersten Zeichen einer Datei heißen Signatur, manchmal auch Magic Bytes. Aus der Signatur kann auf das Dateiformat geschlossen werden. Unterschiedliche Programme können jedoch die gleiche Dateierweiterung nutzen. Außerdem kann eine Dateiendung falsch gesetzt sein und ein Doppelklick darauf zeigt dann beim Öffnen einen Fehler an. Wissen ist Macht - das gilt auch im Umgang mit unbekannten oder fehlerhaften Dateien. Unsere Auswertung der BED-Dateien sieht so aus:

Die Dateiendung BED kommt oft vor. Diese enthält verschiedene Formate für verschiedene Programme. Die folgenden zwei Dateiformate sind jedoch üblich:

55% der bekannten BED-Dateien beginnen mit den Bytes chr, die für dieses Dateiformat entscheidend sind. Der Inhalt dieser Dateien ist mit einem Texteditor leicht lesbar. BED-Dateien sind zwischen 23 bytes und 770 KB groß. Der Dateityp ist nicht sehr alt.
Bei 10% aller BED Dateien lauten die für dieses Dateiformat typischen Bytes: 6C 1B 01. Diese Dateien enthalten weder Texte noch Wörter, sondern nur Daten. Die durchschnittliche Dateigröße beträgt 59 MB, wobei die meisten Dateien zwischen 160 KB und 580 MB groß sind.

Alle anderen BED-Dateien (35%) haben kein einheitliches Format, wie UCSC BED Annotation Track, DOC, track, GFS, Chr, Loop und Scaffold. Per Drag & Drop kannst du deine Datei auf unsere Webseite ziehen, um deren Dateiformat zu analysieren und eine Vorschau deiner BED-Datei zu sehen!

Technische Daten für die BED-Dateierweiterung

Dateiklassifizierung:

Data

Ähnliche Dateien:

bedgraph, gz, bigbed, fam, bedpe, bim, zip, txt, refgene, bb, wig, list, tsv, xlsx, gff3, pdf, bad, ped, bam, gff

Zugehörige Links:

Integrierter Genom-Browser Wikipedia-Seite

MIME-Typ:

text/plain

Die folgende Liste wird aus der vom Programm „Associate This!“ erzeugten Datenbank, bestimmten Daten aus der Hauptdatenbank von FILExt und den von Benutzern übermittelten Informationen zu Dateierweiterungen zusammengestellt.

Programm-ID: BmcBed.Edit
EXE-Datei: %ProgramFiles%\Lover's Eye\bin\BolyEdit.exe

Eine bed Genomische Datendatei-Datei ist ein spezielles Dateiformat von The University of North Carolina at Charlotte und sollte nur mit der entsprechenden Software bearbeitet und gespeichert werden.

Lösen von Problemen mit BED-Dateien

Verknüpfe die BED-Dateierweiterung mit der korrekten Anwendung.
Aktualisiere die Software, mit der Genomische Datendatei-Dateien geöffnet werden sollen. Denn nur die aktuelle Version unterstützt das jüngste BED-Dateiformat. Suche daher zum Beispiel auf der Website des Herstellers The University of North Carolina at Charlotte nach einem verfügbaren Update von Integrated Genome Browser.
Um sicherzustellen, dass deine BED-Datei nicht beschädigt oder von einem Virus infiziert ist, hole dir die Datei erneut und scanne sie mit virustotal.com von Google.
Klicke hier, um deine .BED-Datei online zu öffnen - sicher, schnell und ohne Softwareinstallation.