Abrir un archivo GFF3

El tipo de archivo GFF3 está asociado principalmente con AUGUSTUS.

GFF3	Extensión de archivo: GFF3
	Tipo de archivo:	archivo de anotación

Qué es un archivo GFF3

Los archivos GFF3 pertenecen principalmente a AUGUSTUS. Los archivos GFF3 mantienen las anotaciones del genoma en un formato de texto separado por tabulaciones. Cada línea describe una característica genómica, como un gen, ARNm, exón o CDS, con coordenadas y atributos claros.
La estructura del archivo contiene varios campos: el nombre de la secuencia, la fuente de la anotación, el tipo de característica, las posiciones de inicio y fin, y una columna adicional para atributos detallados.

Detalles de la anotación: Cada registro especifica la ubicación y el tipo de característica genómica.
Formato estandarizado: El diseño consistente, delimitado por tabulaciones, permite un análisis sencillo y una fácil integración con otras herramientas.
Integración de herramientas: Programas como AUGUSTUS, GenomeHubs y GenomeTools utilizan este formato para la anotación del genoma. Algunos archivos pueden estar comprimidos con GZIP para mejorar la eficiencia del almacenamiento.

Nota de FilExt.com: Para obtener más información sobre las pautas formales, visite la página web de AUGUSTUS o el sitio de Sequence Ontology.

Cómo abrir los archivos GFF3

Necesitas un software adecuado como AUGUSTUS para abrir un archivo GFF3. Sin un software adecuado, recibirás un mensaje de Windows diciendo: "¿Cómo quieres abrir este archivo?" o "Windows no puede abrir este archivo" o una alerta similar de Mac/iPhone/Android. Si no puedes abrir el archivo GFF3 correctamente, intenta hacer clic derecho o mantener presionado el archivo. Después, haz clic en "Abrir con" y elige una aplicación. También puedes mostrar un archivo GFF3 directamente en el navegador:. Sólo tienes que arrastrar el archivo a esta ventana del navegador y soltarlo.

Abrir un archivo GFF3 y ver los textos que contiene

Elige el archivo .gff3 para ver

o arrástralo y suéltalo aquí

Vista previa de archivo

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Cómo extraer textos de archivos GFF3 o tomar una captura de pantalla para PDF, JPG, DOCX, TXT, ...

Si quieres extraer textos de un archivo GFF3 o hacer una captura de pantalla, puedes usar nuestro visor de archivos GFF3 en línea gratuito:

Sólo tienes que hacer clic en el botón "Elige el archivo .gff3 para ver" de esta página.
Una vez abierto tu archivo en el navegador,
haz clic en "Guardar como..." en el menú.
A continuación, elige el formato de archivo (por ejemplo, JPG, PDF, DOCX, TXT, ...) que desees.
Tu archivo se convertirá y se descargará.

Programas que abren y convierten archivos GFF3:

AUGUSTUS
Consulta los párrafos anteriores para obtener más información sobre la aplicación principal. Los archivos GFF3 se suelen denominar archivos AUGUSTUS Datos porque este tipo de archivo se crea o utiliza principalmente por este software.
Integrated Genome Browser
GFF3 son las siglas de General Feature Format. Este formato de archivo se utiliza para almacenar datos genómicos que describen genes y otras características de secuencias de ADN, ARN y proteínas. Los navegadores genómicos son programas especiales que proporcionan una interfaz gráfica para que los usuarios visualicen los datos genómicos. Se puede acceder a los archivos GFF3 utilizando varios navegadores genómicos, como GBrowse, Integrated Genome Browser (IGB) y Jalview.

Detalles del formato GFF3:

¿Por qué es importante conocer el formato de archivo? Esta es la única forma de averiguar qué programa usar para abrir el archivo. Los primeros caracteres de un archivo identifican el formato del archivo, por ejemplo, los archivos html comienzan con los bytes <html>. Si la extensión del archivo no coincide con el formato del archivo, hacer doble clic en ese archivo dará un error al abrirlo. Por lo tanto, el conocimiento exacto del formato es importante para resolver problemas con los archivos. A continuación encontrará nuestra evaluación de los archivos GFF3:

La extensión de archivo GFF3 se usa con bastante frecuencia y es utilizado principalmente por un programa con un formato específico. Sin embargo, los siguientes dos formatos de archivo son comunes:

75% de todos los archivos GFF3 pertenecen a Generic Feature Format Version 3. Estos archivos son texto sin formato, lo que significa que se pueden ver con cualquier editor de texto como Notepad en Windows, Nano para Linux y TextEdit para macOS. Los archivos suelen tener un tamaño de entre 950 bytes y 95 MB. El tipo de archivo no es muy antiguo. Casi siempre se encuentran algunas palabras en los archivos, como ##gff-version 3, sequence, region, Name y NCBI.
8% de todos los archivos GFF3 comienzan con los bytes mágicos ##sequence-region, que son siempre los primeros bytes de este formato de archivo. El contenido consta de datos de texto legibles, que se pueden leer con un editor de texto. La mayoría de estos archivos tienen un tamaño de 660 bytes a 7 MB. Las palabras clave sequence, Dbxref, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi, region, species https, taxon y RefSeq son características de estos archivos. sequence.gff3 es un nombre de archivo típico.

Todos los demás archivos GFF3 (17%) no tienen un formato uniforme, existen los siguientes 5 formatos: GZIP y chr. Simplemente haz clic en el botón "Elige el archivo .gff3 para ver" en esta página para averiguar cuál es tu archivo GFF3.

Datos técnicos de la extensión de archivo GFF3

Clasificación de archivos:

Datos

Archivos relacionados:

gtf, gff2, bed, fasta, vcf, gff, fa, gz, bed, fna, zip, gbf, uxd, out, gb, nii, dat, pkl, lic

Tipo de medio:

text/plain

Un archivo gff3 archivo de anotación es un formato de archivo especial y solo debe editarse y guardarse con el software adecuado.

Cómo resolver problemas con los archivos GFF3

Asocia la extensión de archivo GFF3 con la aplicación correcta.
Actualiza el software que debe abrir los archivos archivo de anotación. El motivo es que solo la versión actual es compatible con el último formato de archivo GFF3. Por lo tanto, busca, por ejemplo, en la página web del fabricante una actualización disponible de AUGUSTUS.
Para asegurarte de que el archivo GFF3 no esté dañado o infectado por virus, obtén el archivo nuevamente y escanéalo con virustotal.com de Google.
Haz clic aquí para abrir tu archivo .GFF3 en línea - seguro, rápido y sin necesidad de instalar software.