Ouvrir un fichier PDB

Le type de fichier PDB est principalement associé à Visual C++.

PDBExtension de fichier PDB
Extension de fichier : PDB
Type de fichier :  fichier de base de données du programme

Qu'est-ce qu'un fichier PDB ?

Les fichiers PDB appartiennent principalement à Visual C++ de Microsoft. PDB est un format de fichier textuel décrivant les structures tridimensionnelles des molécules détenues dans la Banque de données des protéines. Il fournit des descriptions et des annotations des structures de protéines et d'acides nucléiques, y compris les coordonnées atomiques, les affectations de structures secondaires, ainsi que la connectivité atomique. Elle stocke également des métadonnées expérimentales.

Structure : Un fichier PDB typique décrivant une protéine se compose de centaines à des milliers de lignes décrivant les enregistrements suivants :

  • HEADER, TITLE et AUTHOR - informations sur les chercheurs qui ont défini la structure;
  • REMARK - annotation de forme libre ; peut accueillir des informations standardisées;
  • SEQRES - séquences de chaînes peptidiques;
  • ATOM - coordonnées des atomes qui font partie de la protéine;
  • HETATM - coordonnées des hétéroatomes.


Extensions associées : les fichiers PDB peuvent également être enregistrés sous le nom de ENT ou BRK. Legacy : PDB est maintenant considéré comme un format legacy, étant remplacé par le plus récent mmCIF. (extension : CIF), plus récent.
Associations connexes : PDB pourrait également faire référence au fichier de base de données de programmes de Microsoft - un format de fichier propriétaire pour stocker des informations de débogage sur un programme.

Comment ouvrir un fichier PDB

Vous avez besoin d'un logiciel adapté tel que Visual C++ pour ouvrir un fichier PDB. Sans logiciel adéquat, vous recevrez un message Windows « Comment souhaitez-vous ouvrir ce fichier? » ou « Windows ne peut pas ouvrir ce fichier » ou une alerte Mac / iPhone / Android similaire. Si vous ne parvenez pas à ouvrir correctement votre fichier PDB, essayez de cliquer avec le bouton droit de la souris ou d'appuyer longuement sur le fichier. Cliquez ensuite sur « Ouvrir avec » et sélectionnez une application. Vous pouvez aussi afficher un fichier PDB directement dans le navigateur:. Il suffit de faire glisser le fichier sur cette fenêtre du navigateur et de le déposer.

Ouvre les fichiers PDB en ligne

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Comment convertir des fichiers PDB en JPG, PDF, HTML, DOC, ...

Tu peux convertir les fichiers PDB en utilisant notre visionneuse de fichiers PDB en ligne (propulsé par Convert.Guru):
  1. Il suffit de cliquer sur le bouton "Sélectionnez votre fichier .pdb pour visualiser cette image" sur cette page.
  2. Après avoir ouvert ton fichier dans le navigateur,
  3. clique sur "Enregistrer sous..." dans le menu.
  4. Puis clique sur le format de fichier (par exemple PDF, JPG, DOCX, TXT, ...) que tu veux.
  5. Ton fichier sera converti et téléchargé.

Programmes qui ouvrent et convertissent les fichiers PDB :

  1. Visual C++ de Microsoft
    Consultez les paragraphes précédents pour en savoir plus sur l'application principale. Les fichiers PDB sont souvent appelés fichiers Visual C++ Database car ce type de fichier est principalement créé ou utilisé par ce logiciel.
  2. Palm OS (Fichier de base de données Palm OS) par Palm
    Palm OS était un système d'exploitation mobile développé pour les appareils mobiles. Le système d'exploitation a depuis été abandonné. Palm OS utilisait les fichiers PDB comme conteneur pour le stockage des bases de données. Ce format de fichier est classé comme Database. Liens connexes : iSilo, Wikipédia
  3. XnView (fichier image) par XnSoft
    XnView est un programme gratuit développé par XnSoft pour visualiser et modifier des images. Le programme contient de nombreuses fonctionnalités pour modifier les images et prend en charge tous les principaux formats d'image. Les fichiers d'images PDB peuvent être visualisés et modifiés à l'aide de XnViewer. Ce format de fichier est classé comme Raster Image. Liens connexes : Wikipédia, Guide de l'utilisateur
  4. Pegasus Multimedia DataBase (fichier de base de données du programme) par Euro Sistemi Srl
    Pegasus Multimedia Database est un programme développé par Euro Sistemi pour gérer les archives optiques, les documents électroniques et les données multimédia. Le programme utilise des fichiers PDB pour stocker les bases de données où sont enregistrées ces informations. Ce format de fichier est classé comme Database.
  5. PowerDesigner (fichier de sauvegarde du modèle) par Sybase
    PowerDesigner est un programme développé par Sybase, qui a depuis été racheté par SAP. Le logiciel est utilisé pour la modélisation des données et des processus pour l'architecture des données, l'architecture de l'information et l'architecture d'entreprise. Le programme stocke les sauvegardes des modèles sous forme de fichiers PDB. Ce format de fichier est classé comme Backup. Liens connexes : Sybase Wikipedia, PowerDesigner Wikipedia
  6. MolMol (fichier de description des molécules) par ETH Zürich
    MolMol est un projet open-source développé pour afficher, analyser et manipuler les structures moléculaires 3D. Le programme utilise les fichiers PDB pour stocker les descriptions des molécules. Ce format de fichier est classé comme Simple text file. Liens connexes : Article de Science Direct, Manuel de référence
  7. Avogadro
    Avogadro est un éditeur et un visualiseur de molécules 3D gratuit et open source. Le programme utilise les fichiers PDB pour stocker les coordonnées des atomes dans une protéine. Ces fichiers sont également utilisés par la Protein Data Bank, un dépôt mondial pour le traitement et la distribution de données sur la structure macromoléculaire biologique en 3D. Ce format de fichier est classé comme Data. Liens connexes : Manuel, Wikipédia
  8. PhotoDeluxe (fichier image) par Adobe
    Adobe PhotoDeluxe était un programme utilisé pour éditer des images 2D. Le programme a depuis été abandonné et n'est plus vendu par Adobe. PhotoDeluxe était compatible avec les images stockées dans les fichiers PDB, qui pouvaient être ouverts et modifiés à l'aide du programme. Ce format de fichier est classé comme Raster Image. Liens connexes : Wikipédia, Adobe PhotoDeluxe revisité
  9. Commodore 64 Emulator (Fichier de données de l'émulateur Commodore 64) par Commodore
    Le Commodore 64 était un ordinateur de salon 8 bits, développé par Commodore International. Les émulateurs peuvent être utilisés pour simuler des appareils tels que le Commodore 64 sur du matériel moderne. Les fichiers PDB étaient utilisés par un émulateur de Commodore 64 pour stocker des données, mais ils semblent maintenant obsolètes et ne sont plus utilisés par aucun émulateur. Ce format de fichier est classé comme Data. Liens connexes : Wikipédia, C64 Wiki, Commodore Wikipeida
  10. Insight II par Accelrys
    Insight II était un environnement de modélisation moléculaire développé par Accelrys, qui fournissait une interface graphique aux algorithmes de dynamique moléculaire, de modélisation homologique, de conception de novo et d'électrostatique. Liens connexes : Guide de l'utilisateur, Manuel
  11. PowerBuilder (fichier de bibliothèque de liaison dynamique) par Sybase
    PowerBuilder est un programme développé à l'origine par Sybase, qui appartient maintenant à SAP et est géré par Appeon. Le programme est utilisé pour créer des applications hautes performances basées sur les données. Les fichiers PDB sont des bibliothèques de liens dynamiques utilisées par PowerBuilder, similaires à un fichier DLL pour la plupart des applications Windows. Ce format de fichier est classé comme System. Liens connexes : Wikipédia, Documentation (en anglais)
  12. BGBlitz (fichier de base de données positionnelle) par Frank Berger
    BGBlitz est un logiciel de backgammon professionnel développé par Frank Berger. Le programme stocke les positions des objets du jeu dans un fichier PDB. Ce format de fichier est classé comme Database. Liens connexes : FAQ, Instructions d'installation, Liens sur le backgammon
  13. PowerBASIC (fichier de symboles du débogueur) par PowerBASIC
    PowerBASIC est une famille de compilateurs pour le langage de programmation BASIC. Les compilateurs utilisent des fichiers PDB pour stocker les symboles de débogage. Ce format de fichier est classé comme Data. Liens connexes : Quel compilateur choisir ?, Wikipédia
  14. Powerproject Teamplan par Elecosoft
    Powerproject est un programme vendu par Elecosoft pour la gestion de projets de construction. Le programme stocke les données dans un fichier PDB. Ce format de fichier est classé comme Data. Liens connexes : Tutoriel vidéo, Canal YouTube
  15. Ribbons (fichier de la banque de données des protéines) par Mike Carson
    Ribbons était un programme développé par Mike Carson pour rendre des molécules 3D sous forme d'images. Le programme utilise les coordonnées stockées dans un fichier de la banque de données des protéines, en utilisant l'extension PDB pour créer des images de modèles moléculaires. Ce format de fichier est classé comme Data. Liens connexes : Guide de l'utilisateur, Manuel
  16. TealPaint (fichier image) par TealPoint
    CADSTAR est Zuken's Windows desktop PCB Design solution, qui est prêt à l'emploi et facilement intégré dans votre environnement de conception actuel tout en préservant vos données existantes. Les fichiers PCB contiennent la mise en page qui est utilisée pour l'impression de la carte physique, où elle est enregistrée au format texte ASCII standard. Ce format de fichier est classé comme Raster Image. Liens connexes : XnView, Manuel
  17. TACT
    TACT, ou Text Analysis Computing Tools, est un outil destiné aux chercheurs qui effectue la recherche et l'analyse de textes sur des œuvres littéraires. Liens connexes : Description de TACT, Manuel
  18. QuickPOS

Détails du format PDB :

Si vous connaissez le format de fichier, vous pouvez également découvrir comment ouvrir ou modifier le fichier. Souvent, le format du fichier peut être déduit de l'extension du fichier ou des premiers octets (la soi-disant signature). Cependant, différents programmes peuvent utiliser la même extension de fichier et les extensions de fichier peuvent être définies de manière incorrecte. Il faut donc une analyse détaillée d'un fichier pour connaître le format et le programme associé. Vous trouverez ci-dessous notre évaluation des fichiers PDB :

PDB est un type de fichier très commun et comprend différents formats pour différents programmes. Cependant, les deux formats de fichiers suivants sont courants :

Les 46% restants de tous les fichiers PDB sont des fichiers sans format commun, comme par ex. XML, HEADER, ATOM, REMARK, ObjStore, COMPND, TITLE et CRYST. Vous pouvez obtenir tous les détails de votre fichier PDB en le faisant glisser vers cette page ou en cliquant sur le bouton "Sélectionnez votre fichier .pdb pour visualiser cette image" ci-dessus.

Données techniques de l'extension de fichier PDB

Classification des fichiers :
Database
Fichiers connexes :

La liste suivante est dressée à partir de la base de données produite par le programme « Associate This! », de données sélectionnées dans la base de données principale FILExt et d'informations sur les extensions de fichier soumises par les utilisateurs.

Identifiant du programme : GraphicsConverterPro.pdb, Type de fichier : TealPaint, Nom de l'application : GraphicsConverter-reg
Fichier EXE : GraphicsConverter.exe

Identifiant du programme : ICPlus, Nom de l'application : ImageEditor Plus
Fichier EXE : ICPlus.exe

Identifiant du programme : PalmQuickInstall.PdbFile, Type de fichier : Palm Database File, Nom de l'application : Palm Quick Install Module
Fichier EXE : QuickInstall.exe

Identifiant du programme : pdbfile, Type de fichier : Intermediate file

Identifiant du programme : pdbFile, Type de fichier : Palm Database File, Nom de l'application : Install Tool Application
Fichier EXE : Instapp.exe

Identifiant du programme : pdbfile, Type de fichier : Program Debug Database

Identifiant du programme : PrintShop.Project, Type de fichier : Print Shop Project, Nom de l'application : Home Productivity Program

Identifiant du programme : Demo Builder
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Demo Builder\db.exe %1

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Clie\Instapp.exe %1

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Handspring\Instapp.exe %1

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Palm\Instapp.exe %1

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Sony Handheld\Instapp.exe %1

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : C:\Palm\Instapp.exe %1

Identifiant du programme : pdbfile
Fichier EXE : f:\utils\handspring\Instapp.exe %1

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : C:\Palm\Instapp.exe %1

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Sony Handheld\Instapp.exe %1

Identifiant du programme : pdbfile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Informax\Vector NTI Suite 9\3D-Mol.exe %1

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\palm\Instapp.exe %1

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Internet Explorer\Iexplore.exe %1

Identifiant du programme : XnView.Image
Fichier EXE : %ProgramFiles%\XnView\xnview.exe %1

Identifiant du programme : PrintShopDeluxe
Fichier EXE : C:\PSDWIN\psdwin.exe %1

Identifiant du programme : PrintShop.Project
Fichier EXE : C:\The Print Shop Products\The Print Shop Premier Edition 5.0\Pspe5.exe %1

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Instapp.exe %1

Identifiant du programme : PalmQuickInstall.PdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Palm\QuickInstall.exe /FileExt

Identifiant du programme : SDDocuments.Atomistic3dDocument.1
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Accelrys\MS Modeling 3.2\Studio\MatStudio.exe

Identifiant du programme : PrintShop.Project
Fichier EXE : %ProgramFiles%\The Print Shop Deluxe III\psdwin.exe %1

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\DeLano Scientific\PyMOL\pymolwin.exe %1 %*

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Palm\Instapp.exe pdf_auto_file

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : C:\Palm\Instapp.exe pdtfile

Identifiant du programme : pdbfile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Palm\Instapp.exe PDXFileType

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Sony Handheld\Instapp.exe PDFXMLDesigner.Document

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Sony Handheld\Instapp.exe pdcfile

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : C:\Palm\Instapp.exe PerfFile

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Palm\Instapp.exe PDFXMLDesigner.Document

Identifiant du programme : PalmQuickInstall.PdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\palmOne\QuickInstall.exe /FileExt

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Handspring\Instapp.exe PerfFile

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Handspring\Instapp.exe PDXFileType

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Palm\Handspring\Instapp.exe PDVDmpgfile

Identifiant du programme : pdbFile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Palm\Instapp.exe PerfFile

Identifiant du programme : pdbfile
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Invitrogen\Vector NTI Advance 10\3D-Mol.exe

Identifiant du programme : MyViewPad.pdb
Fichier EXE : %ProgramFiles%\My ViewPad\MyViewPad.exe


Un fichier pdb fichier de base de données du programme est un format de fichier spécial de Microsoft et ne doit être modifié et sauvegardé qu'avec le logiciel adéquat.

Comment résoudre les problèmes liés aux fichiers PDB

  • Associez l'extension de fichier PDB à la bonne application.
  • Mettez à jour votre logiciel qui doit réellement ouvrir les fichiers fichier de base de données du programme. Parce que seule la version actuelle prend en charge le dernier format de fichier PDB. Recherchez, par exemple, sur le site Internet du fabricant Microsoft si une mise à jour de Visual C++ est disponible.
  • Pour vous assurer que votre fichier PDB n'est pas corrompu ou infecté par un virus, analysez-le avec virustotal.com de Google.
  • Cliquez ici pour ouvrir votre fichier .PDB en ligne - sécurisé, rapide, et sans installation de logiciel nécessaire.
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