Alles über BCL-Dateien

Der Dateityp BCL ist vor allem der Software FASTQ zugeordnet.

BCL	Dateierweiterung: BCL
	Dateityp:	Basis-Rufdaten-Datei

Was ist eine BCL-Datei?

BCL Dateien gehören meistens zu FASTQ von Illumina. BCL-Dateien werden von DNA-Sequenzierungsinstrumenten, HiSeq und MiSeq erstellt und verwendet, die von Illumina entwickelt wurden.

• Hauptmerkmale: Die Primäranalyse einer DNA-Probe wird mit Illumina-Sequenzierungsinstrumenten durchgeführt, um die Intensität der Kanäle bei der Kodierung verschiedener Basen zu messen und anschließend die Base (dies wird als Base-Call bezeichnet) mit der höchsten Wahrscheinlichkeit (als Q-Score bezeichnet) an einer bestimmten Position in der Probensequenz zu bestimmen. Während jedes solchen Sequenzierungszyklus erstellt die Real-Time Analysis (RTA)-Software der Illumina-Maschine eine BCL-Datei, die die Informationen dieser Basisaufrufe und die zugehörigen Qualitätswerte (Q-Scores) enthält. Die Daten in diesen BCL-Dateien werden in einem Binärformat gespeichert und repräsentieren die Rohdatenausgabe während jeder Laufsequenz. Der Prozess, der BCL-Dateien generiert, ist sehr effizient, da jeder Basisanruf separat von der Maschine aufgezeichnet wird, bevor fortgefahren wird.
• Annahme: Software wie Casava, bcl2fastq, Eland und iSAAC aligner werden zur weiteren Analyse dieser rohen BCL-Dateien verwendet, indem sie in eine strukturierte Form umgewandelt und mit der Dateierweiterung FASTQ gespeichert werden. Das FASTQ-Format ist ein textbasiertes Sequenzformat, das die Rohsequenzinformationen und Qualitätsbewertungen speichert.

So öffnet man BCL Dateien

Zum Öffnen einer BCL-Datei benötigst du eine geeignete Software wie FASTQ. Andernfalls erhältst du eine Windows-Meldung „Wie soll diese Datei geöffnet werden?“ oder „Die folgende Datei kann nicht geöffnet werden“ oder eine ähnliche Mac-, iPhone-, Android-Warnmeldung. Wenn du die BCL-Datei nicht korrekt öffnen kannst, versuche es mit einem Rechtsklick oder durch langes Drücken auf die Datei. Klicke dann auf „Öffnen mit“ und wähle eine Anwendung aus. Du kannst eine BCL Datei auch direkt im Browser anzeigen:. Ziehe die Datei einfach auf dieses Browserfenster und lasse sie fallen.

BCL Datei öffnen und enthaltene Texte ansehen

Wähle eine .bcl-Datei zur Analyse

oder hier draufziehen (Drag-&-Drop)

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Das BCL Dateiformat:

Das Dateiformat, also die Anordnung und Art der Daten in einer Datei, bestimmt, welche Software die Datei öffnen kann. Oft lässt sich das Dateiformat aus der Dateiendung oder den ersten Bytes (der sogenannten Signatur) ableiten. Häufig verwenden verschiedene Programme dieselbe Dateierweiterung für unterschiedliche Dateiformate, und ein Dateiformat kann unter unterschiedlichen Dateierweiterungen geführt werden. Du benötigst also eine detaillierte Analyse einer Datei, um das Format und das zugehörige Programm herauszufinden. Unsere Auswertung der BCL-Dateien sieht so aus:

Die Dateierweiterung BCL kommt nur vereinzelt vor. Sie enthält verschiedene Formate für verschiedene Programme. Die folgenden Dateiformate werden am häufigsten in BCL-Dateien gefunden:

• 35% aller BCL-Dateien speichern die Daten im Dateiformat UTF-8. UTF-8 ist die im World Wide Web am häufigsten verwendete Zeichenkodierung für Unicode. UTF-8-Dateien können mit jedem Texteditor angezeigt werden. Diese Dateien beginnen mit den 3 Bytes  (hex: EF BB BF), die sogenannte Byte Order Mark (BOM). Diese Dateien sind Textdateien, sie enthalten also Wörter und Text. Die durchschnittliche Dateigröße beträgt 78 bytes, wobei die meisten Dateien zwischen 52 bytes und 180 bytes groß sind. Der Dateityp ist nicht sehr alt. Die Dateien enthalten die folgenden Wörter: Users und Desktop. Ein gebräuchlicher Dateiname ist ConversionList1.bcl.
• 5% aller BCL-Dateien nutzen das beliebte config-Dateiformat. Eine Konfigurationsdatei wird von Computersoftware verwendet, um Einstellungen zu speichern. Es besteht aus einem textbasierten Inhalt mit einer Struktur und Syntax, die Schlüssel-Wert-Paare für Eigenschaften und Abschnitte umfassen, die die Eigenschaften organisieren. Diese Dateien sind Textdateien und können daher mit einem Texteditor gelesen werden. Die Dateien sind oft zwischen 420 bytes und 500 bytes groß. Einige Wörter sind fast immer in den Dateien zu finden, z. B. [Log], hash und imei.

Die verbleibenden 60% aller BCL-Dateien sind unterschiedliche Dateien mit unterschiedlichen Signaturen. wie GZIP, XML, laD und Sub. Du kannst alle Details deiner BCL-Datei abrufen, indem du sie auf diese Seite ziehst oder oben auf die Schaltfläche "Wähle eine .bcl-Datei zur Analyse" klickst.