Tout sur les fichiers BCL

Le type de fichier BCL est principalement associé à FASTQ.

BCL	Extension de fichier : BCL
	Type de fichier :	fichier de données d'appel de base

Qu'est-ce qu'un fichier BCL ?

Les fichiers BCL appartiennent principalement à FASTQ de Illumina. Les fichiers BCL sont créés et utilisés par les instruments de séquençage DNA, HiSeq et MiSeq qui sont développés par Illumina.

Caractéristiques principales: L'analyse primaire d'un échantillon d'ADN est effectuée à l'aide des instruments de séquençage Illumina afin de jauger l'intensité des canaux dans l'encodage de diverses bases et d'établir par la suite la base (c'est ce qu'on appelle un appel de base) ayant la plus grande probabilité (appelée score Q) à une position particulière dans la séquence de l'échantillon. Au cours de chacun de ces cycles de séquençage, le logiciel Real-Time Analysis (RTA) de l'appareil Illumina crée un fichier BCL contenant les informations de ces appels de base et les valeurs de qualité associées (scores Q). Les données contenues dans ces fichiers BCL sont stockées dans un format binaire et sont représentatives des données brutes produites lors de chaque séquence d'exécution. Le processus qui génère les fichiers BCL est très efficace puisque chaque appel de base est enregistré séparément par la machine avant de poursuivre le processus.
Adoption: Des logiciels tels que Casava,bcl2fastq, Eland et iSAAC aligner sont utilisés pour une analyse plus approfondie de ces fichiers BCL bruts en les convertissant sous une forme structurée et enregistrés avec l'extension de fichier FASTQ. Le format FASTQ est un format de séquence basé sur le texte qui enregistre les informations sur la séquence brute et les scores de qualité.

Comment ouvrir les fichiers BCL

Vous avez besoin d'un logiciel adapté tel que FASTQ pour ouvrir un fichier BCL. Sans logiciel adéquat, vous recevrez un message Windows « Comment souhaitez-vous ouvrir ce fichier? » ou « Windows ne peut pas ouvrir ce fichier » ou une alerte Mac / iPhone / Android similaire. Si vous ne parvenez pas à ouvrir correctement votre fichier BCL, essayez de cliquer avec le bouton droit de la souris ou d'appuyer longuement sur le fichier. Cliquez ensuite sur « Ouvrir avec » et sélectionnez une application. Vous pouvez aussi afficher un fichier BCL directement dans le navigateur:. Il suffit de faire glisser le fichier sur cette fenêtre du navigateur et de le déposer.

Ouvrez un fichier BCL et visualisez les textes contenus

Sélectionnez le fichier .bcl à analyser

ou faites-le glisser et déposez-le ici

Aperçu du fichier

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Programmes qui ouvrent et convertissent les fichiers BCL :

FASTQ de Illumina
Consultez les paragraphes précédents pour en savoir plus sur l'application principale. Les fichiers BCL sont souvent appelés fichiers FASTQ Data car ce type de fichier est principalement créé ou utilisé par ce logiciel.
Casava (fichier de données d'appel de base) par Illumina
L'extension BCL appartient aux fichiers générés par HiSeq et MiSeq, les instruments de séquençage ADN de Illumina. Ces types de fichiers peuvent être lus et analysés à l'aide de CASAVA, une application développée par Illumina. Ce format de fichier est classé comme Data. Liens connexes : Documentation Illumina CASAVA, Informations sur CASAVA
PDP-10 (fichier source du compilateur) par Digital Equipment Corporation
Le p : PDP-10 était un ordinateur central fabriqué par Digital Equipment Corporation. L'extension de fichier BCL est associée à cet ordinateur et stocke les sources de données pour le compilateur. Ce format de fichier est classé comme Data. Liens connexes : Page Wikipédia sur le PDP-10

Données techniques de l'extension de fichier BCL

Classification des fichiers :

Data

Fichiers connexes :

bgzf, bc!, bclp, cbcl, dwg, exe, txt, zip, mph, ltd

Liens connexes :

Explication des fichiers FASTQ

La liste suivante est dressée à partir de la base de données produite par le programme « Associate This! », de données sélectionnées dans la base de données principale FILExt et d'informations sur les extensions de fichier soumises par les utilisateurs.

Identifiant du programme : BestAddress.CodeLibrary, Type de fichier : BestAddress Code Library

Un fichier bcl fichier de données d'appel de base est un format de fichier spécial de Illumina et ne doit être modifié et sauvegardé qu'avec le logiciel adéquat.

Comment résoudre les problèmes liés aux fichiers BCL

Associez l'extension de fichier BCL à la bonne application.
Mettez à jour votre logiciel qui doit réellement ouvrir les fichiers fichier de données d'appel de base. Parce que seule la version actuelle prend en charge le dernier format de fichier BCL. Recherchez, par exemple, sur le site Internet du fabricant Illumina si une mise à jour de FASTQ est disponible.
Pour vous assurer que votre fichier BCL n'est pas corrompu ou infecté par un virus, analysez-le avec virustotal.com de Google.
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