Tout sur les fichiers BCL

Le type de fichier BCL est principalement associé à FASTQ.

BCL	Extension de fichier : BCL
	Type de fichier :	fichier de données d'appel de base

Qu'est-ce qu'un fichier BCL ?

Les fichiers BCL appartiennent principalement à FASTQ de Illumina. Les fichiers BCL sont créés et utilisés par les instruments de séquençage DNA, HiSeq et MiSeq qui sont développés par Illumina.

• Caractéristiques principales: L'analyse primaire d'un échantillon d'ADN est effectuée à l'aide des instruments de séquençage Illumina afin de jauger l'intensité des canaux dans l'encodage de diverses bases et d'établir par la suite la base (c'est ce qu'on appelle un appel de base) ayant la plus grande probabilité (appelée score Q) à une position particulière dans la séquence de l'échantillon. Au cours de chacun de ces cycles de séquençage, le logiciel Real-Time Analysis (RTA) de l'appareil Illumina crée un fichier BCL contenant les informations de ces appels de base et les valeurs de qualité associées (scores Q). Les données contenues dans ces fichiers BCL sont stockées dans un format binaire et sont représentatives des données brutes produites lors de chaque séquence d'exécution. Le processus qui génère les fichiers BCL est très efficace puisque chaque appel de base est enregistré séparément par la machine avant de poursuivre le processus.
• Adoption: Des logiciels tels que Casava,bcl2fastq, Eland et iSAAC aligner sont utilisés pour une analyse plus approfondie de ces fichiers BCL bruts en les convertissant sous une forme structurée et enregistrés avec l'extension de fichier FASTQ. Le format FASTQ est un format de séquence basé sur le texte qui enregistre les informations sur la séquence brute et les scores de qualité.

Comment ouvrir les fichiers BCL

Vous avez besoin d'un logiciel adapté tel que FASTQ pour ouvrir un fichier BCL. Sans logiciel adéquat, vous recevrez un message Windows « Comment souhaitez-vous ouvrir ce fichier? » ou « Windows ne peut pas ouvrir ce fichier » ou une alerte Mac / iPhone / Android similaire. Si vous ne parvenez pas à ouvrir correctement votre fichier BCL, essayez de cliquer avec le bouton droit de la souris ou d'appuyer longuement sur le fichier. Cliquez ensuite sur « Ouvrir avec » et sélectionnez une application. Vous pouvez aussi afficher un fichier BCL directement dans le navigateur:. Il suffit de faire glisser le fichier sur cette fenêtre du navigateur et de le déposer.

Ouvrez un fichier BCL et visualisez les textes contenus

Sélectionnez le fichier .bcl à analyser

ou faites-le glisser et déposez-le ici

Aperçu du fichier

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Format de fichier BCL :

Le format de fichier, qui est la disposition et le type de données dans un fichier, détermine quel programme peut ouvrir le fichier. Souvent, le format du fichier peut être déduit de l'extension du fichier ou des premiers octets (la soi-disant signature). Souvent, cependant, une extension de fichier est utilisée par différents programmes pour différents formats de fichiers, et un format de fichier pour différentes extensions de fichiers. Il faut donc une analyse détaillée d'un fichier pour connaître le format et le programme associé. Notre évaluation des fichiers BCL ressemble à ceci :

L'extension de fichier BCL n'est pas trouvée très souvent et inclut divers formats pour divers programmes. Les formats de fichiers les plus couramment trouvés dans les fichiers BCL sont :

• 35% de tous les fichiers BCL stockent les données au format de fichier UTF-8. UTF-8 est le codage de caractères le plus courant du World Wide Web pour Unicode. Les fichiers UTF-8 peuvent être visualisés avec n'importe quel éditeur de texte. Ces fichiers commencent par les 3 octets  (hex : EF BB BF), la soi-disant marque d'ordre d'octet (BOM). Ces fichiers sont des fichiers texte, ils contiennent donc des mots et du texte. La taille moyenne des fichiers est 78 bytes, la plupart des fichiers ayant une taille comprise entre 52 bytes et 180 bytes. Le type de fichier n'est pas très ancien. Les fichiers contiennent les mots suivants : Users et Desktop. Un nom de fichier courant est ConversionList1.bcl.
• 5% de tous les fichiers BCL utilisent le format de fichier populaire config. Un fichier de configuration est utilisé par un logiciel informatique pour stocker les paramètres. Il se compose d'un contenu textuel avec une structure et une syntaxe comprenant des paires clé-valeur pour les propriétés, et des sections qui organisent les propriétés. Ces fichiers sont des fichiers texte et peuvent donc être lus avec un éditeur de texte. Les fichiers ont souvent une taille comprise entre 420 bytes et 500 bytes. Certains mots sont presque toujours trouvés dans les fichiers tels que [Log], hash et imei.

Les 60% restants de tous les fichiers BCL sont des fichiers différents avec des signatures différentes, comme GZIP, XML, laD et Sub. Vous pouvez obtenir tous les détails de votre fichier BCL en le faisant glisser vers cette page ou en cliquant sur le bouton "Sélectionnez le fichier .bcl à analyser" ci-dessus.