Tudo sobre os Ficheiros BCL

O tipo de ficheiro BCL está principalmente associado a FASTQ.

BCL	Extensão de ficheiro: BCL
	Tipo de ficheiro:	ficheiro de dados da chamada de base

O que é um ficheiro BCL?

Os arquivos BCL pertencem principalmente ao FASTQ da Illumina. Os ficheiros BCL são criados e utilizados por DNA instrumentos de sequenciação, HiSeq e MiSeq que são desenvolvidos por Illumina.

• Principais Características: Análise primária de uma amostra DNA é realizada usando Illumina instrumentos de sequenciação para medir a intensidade dos canais na codificação de várias bases e subsequentemente estabelecer a base (a isto chama-se uma chamada de base) com a maior probabilidade (chamada pontuação Q) numa posição particular na sequência da amostra. Durante cada um destes ciclos de sequenciação, o Real-Time Analysis (RTA) software da máquina Illumina cria um ficheiro BCL contendo a informação destas chamadas de base e os valores de qualidade associados (Q scores). Os dados nestes ficheiros BCL são armazenados num formato binário e são representativos da saída de dados em bruto durante cada sequência de execução. O processo que gera ficheiros BCL é muito eficiente, uma vez que cada chamada de base é registada separadamente pela máquina antes de se prosseguir.
• Adoção: Software como Casava,bcl2fastq, Eland e iSAAC aligner são utilizados para análise posterior destes ficheiros em bruto BCL, convertendo-os num formulário estruturado e guardados com extensão de ficheiro FASTQ. O formato FASTQ é um formato sequencial baseado em texto que guarda a informação em bruto da sequência e pontuações de qualidade.

Como abrir ficheiros BCL

Precisa de um software adequado como FASTQ para abrir um ficheiro BCL. Sem o software adequado, receberá uma mensagem do Windows "Como deseja abrir este ficheiro?" ou "O Windows não consegue abrir este ficheiro" ou um alerta semelhante do Mac/iPhone/Android. Se não conseguir abrir o ficheiro BCL corretamente, tente clicar com o botão direito do rato ou manter premido o ficheiro. Em seguida, clique em "Abrir com" e escolha uma aplicação. Podes também mostrar um ficheiro BCL directamente no browser:. Basta arrastares o ficheiro para esta janela do browser e largá-lo.

Abrir um ficheiro BCL e visualizar os textos contidos

Escolha o seu ficheiro .bcl para analisar

ou arraste e solte aqui

Pré-visualização do Ficheiro

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formato de arquivo BCL:

O formato do arquivo, que é a organização e o tipo de dados em um arquivo, determina qual programa pode abrir o arquivo. Freqüentemente, o formato do arquivo pode ser deduzido da extensão do arquivo ou dos primeiros bytes (a chamada assinatura). Freqüentemente, no entanto, uma extensão de arquivo é usada por diferentes programas para diferentes formatos de arquivo e um formato de arquivo para diferentes extensões de arquivo. Portanto, você precisa de uma análise detalhada de um arquivo para descobrir o formato e o programa associado. Nossa avaliação dos arquivos BCL é assim:

A extensão de arquivo BCL não é usada com tanta frequência e inclui vários formatos para vários programas. Os formatos de arquivo mais comumente encontrados em arquivos BCL são:

• 35% de todos os arquivos BCL armazenam os dados no formato de arquivo UTF-8. UTF-8 é a codificação de caracteres mais comum da World Wide Web para Unicode. Os arquivos UTF-8 podem ser visualizados com qualquer editor de texto. Esses arquivos começam com os 3 bytes  (hex: EF BB BF), a chamada marca de ordem de byte (BOM). Esses arquivos são arquivos de texto, portanto, contêm palavras e texto. O tamanho médio do arquivo é 78 bytes com a maioria dos arquivos tendo tamanho entre 52 bytes e 180 bytes. O tipo de arquivo não é muito antigo. Os arquivos contêm as seguintes palavras: Users e Desktop. Um nome de arquivo comum é ConversionList1.bcl.
• 5% de todos os arquivos BCL usam o popular formato de arquivo config. Um arquivo de configuração é usado pelo software de computador para armazenar as configurações. Ele consiste em um conteúdo baseado em texto com uma estrutura e sintaxe composta por pares chave-valor para propriedades e seções que organizam as propriedades. Esses arquivos são arquivos de texto e, portanto, podem ser lidos com um editor de texto. Os arquivos geralmente têm tamanho entre 420 bytes e 500 bytes. Algumas palavras quase sempre são encontradas nos arquivos, como [Log], hash e imei.

Os restantes 60% de todos os arquivos BCL são arquivos diferentes com assinaturas diferentes, como GZIP, XML, laD e Sub. Você pode obter todos os detalhes do seu arquivo BCL arrastando-o para esta página ou clicando no botão "Escolha o seu ficheiro .bcl para analisar" acima.