Apertura di un file BED

Il tipo di file BED è principalmente associato a Integrated Genome Browser.

BED	Estensione file: BED
	Tipo di file:	file di dati genomici

Cos'è un file BED?

I file BED appartengono principalmente a Integrated Genome Browser di The University of North Carolina at Charlotte. I file BED sono utilizzati nella ricerca bioinformatica e possono essere elaborati da UCSC Genome Browser.

Caratteristiche: BED è un acronimo per Browser Extensible Data. Viene utilizzato per salvare i dati genomici e le annotazioni collegate in un formato di testo. I file BED sono file delimitati da tabulazioni e possiedono una riga distinta per ogni regione genomica. Il numero di campi in ogni riga deve essere uniforme per ogni singolo set di dati in una traccia di annotazioni. Ognuna di queste righe contiene tre campi obbligatori per descrivere una regione genomica con la possibilità di aggiungere fino a nove campi aggiuntivi usando le tabulazioni come delimitatori. Questi campi opzionali possono essere utilizzati per aggiungere informazioni come la regione genomica, il punteggio e l'orientamento del filamento (+/-) ma è sempre necessario popolare i campi di numero inferiore prima di passare a quelli di numero superiore. Il primo dei tre campi obbligatori BED è utilizzato per designare il cromosoma. Il secondo e il terzo campo obbligatorio sono utilizzati per indicare le posizioni di inizio e fine della regione genomica.
Adozione: I file BED possono essere letti e modificati utilizzando bedtools, un'applicazione a riga di comando che può essere eseguita su ambienti UNIX, LINUX, e Apple OS X. IGV (Integrative Genomics Viewer) è un'applicazione basata su JAVA che può essere utilizzata per gestire i file BED. UCSC Genome Browser un browser basato sul web in cui i dati dei file BED possono essere caricati.

Come aprire un file BED

Per aprire un file BED, è necessario un software appropriato come, ad esempio, Integrated Genome Browser. Senza un software appropriato, visualizzerai il messaggio di Windows "Come vuoi aprire questo file?" o "Impossibile aprire il file" o un avviso simile di Mac/iPhone/Android. Se non riesci ad aprire correttamente il file BED, prova a fare clic con il pulsante destro del mouse o a premere a lungo il dito sul file. Quindi, fai clic su "Apri con" e scegli un'applicazione. Puoi anche visualizzare un file BED direttamente nel browser:. Basta trascinare il file su questa finestra del browser e rilasciarlo.

Aprire un file BED e visualizzare i testi contenuti

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Programmi con cui è possibile aprire e convertire i file BED:

Integrated Genome Browser di The University of North Carolina at Charlotte
Per maggiori informazioni sull'applicazione principale, consulta i paragrafi precedenti. I file BED sono spesso indicati come file di Integrated Genome Browser Data perché questo tipo di file viene principalmente creato o utilizzato da tale software.
InfoSnorkel (file dati internet) di Blue Elephant
BED è l'estensione del file associato a InfoSnorkel, un'applicazione che permette agli utenti di personalizzare le pagine di notizie. Il file contiene dati molto probabilmente estratti da una pagina web. Questo formato di file è classificato come Web (source).
RegionMiner (file regioni genomiche) di Genomatix Software GmbH
RegionMiner è un vecchio software di analisi del genoma di Genomatix Software.L'estensione BED è associata a RegionMiner e consiste in dati relativi ai dati del genoma analizzati dal programma con una riga per ogni regione genomica. Questo formato di file è classificato come Data. Collegamenti correlati: Formato file BED

BED formato file:

Un formato di file definisce il modo in cui i dati sono disposti nel file. I primi caratteri di un file sono chiamati firma, a volte anche magic byte. La firma può essere utilizzata per dedurre il formato del file. Tuttavia, diversi programmi possono utilizzare la stessa estensione di file. Inoltre, un'estensione di file può essere rinominata in modo errato e facendo doppio clic su di essa viene visualizzato un errore durante l'apertura. La conoscenza è potere - questo vale anche quando si ha a che fare con file sconosciuti o difettosi. La nostra valutazione dei file BED si presenta così:

La fine del file BED è molto comune e include diversi formati per diversi programmi. Ma i seguenti due formati di file sono comuni:

55% di tutti i file BED iniziano con i byte chr, che sono cruciali per questo formato di file. Il contenuto di questi file è facilmente leggibile con un editor di testo. I file BED hanno dimensioni comprese tra 23 bytes e 770 KB. Il tipo di file non è molto vecchio.
10% di tutti i file BED iniziano con i byte 6C 1B 01 cruciali per questo formato di file. Questi file non contengono né testi né parole, ma solo dati. La dimensione media dei file è 59 MB con la maggior parte dei file di dimensioni comprese tra 160 KB e 580 MB.

Tutti gli altri file BED (35%) non hanno un formato uniforme, come UCSC BED Annotation Track, DOC, track, GFS, Chr, Loop e Scaffold. Trascina & rilascia qui il tuo file per vedere il formato del file e un'anteprima del tuo file BED!

Dati tecnici riguardanti l'estensione file BED

Classificazione dei file:

Data

File correlati:

bedgraph, gz, bigbed, fam, bedpe, bim, zip, txt, refgene, bb, wig, list, tsv, xlsx, gff3, pdf, bad, ped, bam, gff

Collegamenti correlati:

Browser del genoma integrato Pagina di Wikipedia

Tipo MIME:

text/plain

Il seguente elenco è compilato dal database prodotto dal programma "Associate This!", dai dati selezionati dal database principale di FILExt e dalle informazioni sull'estensione file inviate dagli utenti.

ProgramID: BmcBed.Edit
EXEFile: %ProgramFiles%\Lover's Eye\bin\BolyEdit.exe

Un file file di dati genomici bed è un formato file speciale di The University of North Carolina at Charlotte e deve essere modificato e salvato solo con il software appropriato.

Come risolvere i problemi relativi ai file BED

Associa l'estensione file BED all'applicazione giusta.
Aggiorna il software che dovrebbe effettivamente aprire i file file di dati genomici. Tieni presente che solo la versione corrente supporta l'ultimo formato file BED. Pertanto, cerca, ad esempio, sul sito web del produttore The University of North Carolina at Charlotte, un aggiornamento disponibile di Integrated Genome Browser.
Per assicurarti che il file BED non sia danneggiato o che non contenga virus, recupera il file e scansionalo con virustotal.com di Google.
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