Abrir um Ficheiro BED

O tipo de ficheiro BED está principalmente associado a Integrated Genome Browser.

BED	Extensão de ficheiro: BED
	Tipo de ficheiro:	ficheiro de dados genómicos

O que é um ficheiro BED?

Os arquivos BED pertencem principalmente ao Integrated Genome Browser da The University of North Carolina at Charlotte. Os ficheiros BED são utilizados na investigação bioinformática e podem ser processados por UCSC Genome Browser.

Features: BED é um acrónimo para Browser Extensible Data. É utilizado para guardar dados genómicos e anotações ligadas num formato de texto. Os ficheiros BED são ficheiros delimitados por tabulação e possuem uma linha de espaçamento atribuído para cada região genómica. O número de campos em cada linha precisa de ser uniforme em cada conjunto de dados numa faixa de anotação. Cada uma destas linhas contém três campos obrigatórios para descrever uma região genómica, com a opção de adicionar até nove campos adicionais utilizando separadores como delimitadores. Estes campos opcionais podem ser usados para adicionar informação como a região genómica, pontuação, e orientação do encadeamento (+/-) mas é sempre necessário preencher os campos de numeração mais baixa antes de passar para os de numeração mais alta. O primeiro dos três campos obrigatórios BED é utilizado para designar o cromossoma. O segundo e terceiro campos obrigatórios são utilizados para denotar as posições inicial e final da região genómica.
Adoption: BED ficheiros podem ser lidos e modificados utilizando bedtools, uma aplicação baseada em linha de comando que pode ser executada em ambientes UNIX, LINUX, e Apple OS X. IGV (Visualizador de Genómica Integrativa) é uma aplicação baseada em JAVA que pode ser utilizada para tratar ficheiros BED. UCSC Genome Browser um navegador baseado na web no qual os dados dos ficheiros BED podem ser carregados.

Como abrir um ficheiro BED

Precisa de um software adequado como Integrated Genome Browser para abrir um ficheiro BED. Sem o software adequado, receberá uma mensagem do Windows "Como deseja abrir este ficheiro?" ou "O Windows não consegue abrir este ficheiro" ou um alerta semelhante do Mac/iPhone/Android. Se não conseguir abrir o ficheiro BED corretamente, tente clicar com o botão direito do rato ou manter premido o ficheiro. Em seguida, clique em "Abrir com" e escolha uma aplicação. Podes também mostrar um ficheiro BED directamente no browser:. Basta arrastares o ficheiro para esta janela do browser e largá-lo.

Abrir um ficheiro BED e visualizar os textos contidos

Escolha o seu ficheiro .bed para analisar

ou arraste e solte aqui

Pré-visualização do Ficheiro

✈

Leia a nossa garantia de privacidade nos termos e política de privacidade da Filext

Por favor, permita anúncios em nosso site

Isso nos ajuda a manter nossos servidores funcionando. Em seguida, faça upload novamente do seu arquivo para visualizá-lo.

Clique aqui para ver como desativar o bloqueador de anúncios para filext.com

Programas que abrem e convertem ficheiros BED:

Integrated Genome Browser por The University of North Carolina at Charlotte
Consulte os parágrafos anteriores para saber mais sobre a aplicação principal. Os ficheiros BED são frequentemente chamados de ficheiros Integrated Genome Browser Data porque este tipo de ficheiro é criado ou utilizado principalmente por este software.
InfoSnorkel (ficheiro de dados da internet) por Blue Elephant
BED é a extensão de ficheiro associada a InfoSnorkel, uma aplicação que permite aos utilizadores personalizar as páginas de notícias. O ficheiro contém dados muito provavelmente extraídos de uma página web. Este formato de ficheiro é classificado como Web (source).
RegionMiner (ficheiro de regiões genómicas) por Genomatix Software GmbH
RegionMiner é um software de análise de genoma mais antigo da Genomatix Software. A extensão BED está associada a RegionMiner e consiste em dados relativos aos dados do genoma analisados pelo programa com uma linha para cada região genómica. Este formato de ficheiro é classificado como Data. Hiperligações relacionadas: Formato de ficheiro BED

formato de arquivo BED:

Um formato de arquivo define como os dados são organizados no arquivo. Os primeiros caracteres de um arquivo são chamados de assinatura, às vezes também bytes mágicos. A assinatura pode ser usada para inferir o formato do arquivo. No entanto, programas diferentes podem usar a mesma extensão de arquivo. Além disso, uma extensão de arquivo pode ser renomeada incorretamente e clicar duas vezes nela mostra um erro ao abri-la. Conhecimento é poder - isso também se aplica ao lidar com arquivos desconhecidos ou defeituosos. Nossa avaliação dos arquivos BED é assim:

A terminação do arquivo BED é muito comum e inclui diferentes formatos para diferentes programas. Mas os dois formatos de arquivo a seguir são comuns:

55% de todos os arquivos BED começam com os bytes chr, que são cruciais para este formato de arquivo. O conteúdo desses arquivos é facilmente legível com um editor de texto. Os arquivos BED têm tamanho entre 23 bytes e 770 KB. O tipo de arquivo não é muito antigo.
10% de todos os arquivos BED começam com os bytes 6C 1B 01 cruciais para este formato de arquivo. Esses arquivos não contêm textos nem palavras, mas apenas dados. O tamanho médio do arquivo é 59 MB com a maioria dos arquivos tendo tamanho entre 160 KB e 580 MB.

Todos os outros arquivos BED (35%) não têm formato uniforme, como UCSC BED Annotation Track, DOC, track, GFS, Chr, Loop e Scaffold. Arraste & solte seu arquivo aqui para ver o formato do arquivo e uma visualização do seu arquivo BED!

Dados Técnicos para Extensão de Ficheiro BED

Classificação de ficheiros:

Data

Arquivos relacionados:

bedgraph, gz, bigbed, fam, bedpe, bim, zip, txt, refgene, bb, wig, list, tsv, xlsx, gff3, pdf, bad, ped, bam, gff

Hiperligações relacionadas:

Página da Wikipédia do Navegador de Genoma Integrado

Tipo de Mime:

text/plain

A seguinte listagem é compilada a partir da base de dados produzida pelo programa "Associate This!", dados selecionados da base de dados FILExt principal e informações da extensão de ficheiro enviadas pelos utilizadores.

ID do Programa: BmcBed.Edit
Ficheiro EXE: %ProgramFiles%\Lover's Eye\bin\BolyEdit.exe

Um ficheiro bed ficheiro de dados genómico é um formato de ficheiro especial da The University of North Carolina at Charlotte e apenas deve ser editado e guardado com o software apropriado.

Como resolver problemas com ficheiros BED

Associe a extensão de ficheiro BED à aplicação correta.
Atualize o software que deve abrir os ficheiros ficheiro de dados genómico. Porque apenas a versão atual suporta o formato de ficheiro BED mais recente. Pesquise, por exemplo, no site do fabricante de The University of North Carolina at Charlotte após uma atualização Integrated Genome Browser disponível.
Para se certificar de que o seu ficheiro BED não está corrompido ou infetado por vírus, obtenha o ficheiro novamente e faça uma verificação com o virustotal.com do Google.
Clique aqui para abrir seu arquivo .BED online - seguro, rápido e sem necessidade de instalar software.