Ouvrir un fichier BED

Le type de fichier BED est principalement associé à Integrated Genome Browser.

BED	Extension de fichier : BED
	Type de fichier :	fichier de données génomiques

Qu'est-ce qu'un fichier BED ?

Les fichiers BED appartiennent principalement à Integrated Genome Browser de The University of North Carolina at Charlotte. Les fichiers BED sont utilisés dans la recherche bioinformatique et peuvent être traités par UCSC Genome Browser.

Caractéristiques: BED est un acronyme pour Browser Extensible Data. Il est utilisé pour enregistrer les données génomiques et les annotations liées dans un format texte. Les fichiers BED sont des fichiers délimités par des tabulations et possèdent une ligne d'espacement allouée pour chaque région génomique. Le nombre de champs dans chaque ligne doit être uniforme pour chaque ensemble de données dans une piste d'annotation. Chacune de ces lignes contient trois champs obligatoires pour décrire une région génomique avec la possibilité d'ajouter jusqu'à neuf champs supplémentaires en utilisant des tabulations comme délimiteurs. Ces champs facultatifs peuvent être utilisés pour ajouter des informations telles que la région génomique, le score et l'orientation du brin (+/-), mais il est toujours nécessaire de remplir les champs de numérotation inférieure avant de passer aux champs de numérotation supérieure. Le premier des trois champs obligatoires BED est utilisé pour désigner le chromosome. Les deuxième et troisième champs obligatoires sont utilisés pour désigner les positions de début et de fin de la région génomique.
Adoption: Les fichiers BED peuvent être lus et modifiés à l'aide de bedtools, une application basée sur la ligne de commande qui peut fonctionner sur les environnements UNIX, LINUX et Apple OS X. IGV (Integrative Genomics Viewer) est une application basée sur JAVA qui peut être utilisée pour traiter les fichiers BED. UCSC Genome Browser un navigateur web sur lequel les données des fichiers BED peuvent être chargées.

Comment ouvrir un fichier BED

Vous avez besoin d'un logiciel adapté tel que Integrated Genome Browser pour ouvrir un fichier BED. Sans logiciel adéquat, vous recevrez un message Windows « Comment souhaitez-vous ouvrir ce fichier? » ou « Windows ne peut pas ouvrir ce fichier » ou une alerte Mac / iPhone / Android similaire. Si vous ne parvenez pas à ouvrir correctement votre fichier BED, essayez de cliquer avec le bouton droit de la souris ou d'appuyer longuement sur le fichier. Cliquez ensuite sur « Ouvrir avec » et sélectionnez une application. Vous pouvez aussi afficher un fichier BED directement dans le navigateur:. Il suffit de faire glisser le fichier sur cette fenêtre du navigateur et de le déposer.

Ouvrez un fichier BED et visualisez les textes contenus

Sélectionnez le fichier .bed à analyser

ou faites-le glisser et déposez-le ici

Aperçu du fichier

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Programmes qui ouvrent et convertissent les fichiers BED :

Integrated Genome Browser de The University of North Carolina at Charlotte
Consultez les paragraphes précédents pour en savoir plus sur l'application principale. Les fichiers BED sont souvent appelés fichiers Integrated Genome Browser Data car ce type de fichier est principalement créé ou utilisé par ce logiciel.
InfoSnorkel (fichier de données Internet) par Blue Elephant
BED est l'extension de fichier associée à InfoSnorkel, une application qui permet aux utilisateurs de personnaliser les pages de nouvelles. Le fichier contient des données très probablement extraites d'une page web. Ce format de fichier est classé comme Web (source).
RegionMiner (fichier des régions génomiques) par Genomatix Software GmbH
RegionMiner est un ancien logiciel d'analyse du génome de Genomatix Software.l'extension BED est associée à RegionMiner et consiste en des données relatives aux données du génome analysées par le programme avec une ligne pour chaque région génomique. Ce format de fichier est classé comme Data. Liens connexes : Format de fichier BED

Format de fichier BED :

Un format de fichier définit la manière dont les données sont organisées dans le fichier. Les premiers caractères d'un fichier sont appelés signature, parfois aussi des octets magiques. La signature peut être utilisée pour déduire le format de fichier. Cependant, différents programmes peuvent utiliser la même extension de fichier. De plus, une extension de fichier peut être renommée de manière incorrecte et un double-clic dessus affiche alors une erreur lors de son ouverture. Savoir c'est pouvoir - cela s'applique également lorsqu'il s'agit de fichiers inconnus ou défectueux. Notre évaluation des fichiers BED ressemble à ceci :

L'extension de fichier BED est assez répandue et inclut différents formats pour les programmes applicables. Mais les deux formats de fichiers suivants sont courants :

55% de tous les fichiers BED commencent par les octets chr, qui sont cruciaux pour ce format de fichier. Le contenu de ces fichiers est facilement lisible avec un éditeur de texte. Les fichiers BED ont une taille comprise entre 23 bytes et 770 KB. Le type de fichier n'est pas très ancien.
10% de tous les fichiers BED commencent par les octets 6C 1B 01 cruciaux pour ce format de fichier. Ces fichiers ne contiennent ni textes ni mots, mais uniquement des données. La taille moyenne des fichiers est 59 MB, la plupart des fichiers ayant une taille comprise entre 160 KB et 580 MB.

Tous les autres fichiers BED (35%) n'ont pas de format uniforme, comme UCSC BED Annotation Track, DOC, track, GFS, Chr, Loop et Scaffold. Faites glisser et déposez votre fichier ici pour voir le format de fichier et un aperçu de votre fichier BED !

Données techniques de l'extension de fichier BED

Classification des fichiers :

Data

Fichiers connexes :

bedgraph, gz, bigbed, fam, bedpe, bim, zip, txt, refgene, bb, wig, list, tsv, xlsx, gff3, pdf, bad, ped, bam, gff

Liens connexes :

Integrated Genome Browser Wikipedia page

Type de MIME :

text/plain

La liste suivante est dressée à partir de la base de données produite par le programme « Associate This! », de données sélectionnées dans la base de données principale FILExt et d'informations sur les extensions de fichier soumises par les utilisateurs.

Identifiant du programme : BmcBed.Edit
Fichier EXE : %ProgramFiles%\Lover's Eye\bin\BolyEdit.exe

Un fichier bed fichier de données génomique est un format de fichier spécial de The University of North Carolina at Charlotte et ne doit être modifié et sauvegardé qu'avec le logiciel adéquat.

Comment résoudre les problèmes liés aux fichiers BED

Associez l'extension de fichier BED à la bonne application.
Mettez à jour votre logiciel qui doit réellement ouvrir les fichiers fichier de données génomique. Parce que seule la version actuelle prend en charge le dernier format de fichier BED. Recherchez, par exemple, sur le site Internet du fabricant The University of North Carolina at Charlotte si une mise à jour de Integrated Genome Browser est disponible.
Pour vous assurer que votre fichier BED n'est pas corrompu ou infecté par un virus, analysez-le avec virustotal.com de Google.
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