Jak otworzyć plik BED?

Typ pliku BED jest głównie powiązany z Integrated Genome Browser.

BED	Rozszerzenie pliku: BED
	Typ pliku:	plik danych genomowych

Co to jest plik BED?

Pliki BED najczęściej odnoszą się do Integrated Genome Browser z The University of North Carolina at Charlotte. Pliki BED są wykorzystywane w badaniach bioinformatycznych i mogą być przetwarzane przez UCSC Genome Browser.

Funkcje:BED to skrót od Browser Extensible Data. Służy do zapisywania danych genomowych i powiązanych adnotacji w formacie tekstowym. Pliki BED są plikami rozdzielanymi tabulatorami i posiadają jeden wiersz przydzielonego odstępu dla każdego regionu genomu. Liczba pól w każdym wierszu musi być jednakowa w każdym zestawie danych na ścieżce adnotacji. Każdy z tych wierszy zawiera trzy obowiązkowe pola opisujące region genomowy z opcją dodania do dziewięciu dodatkowych pól przy użyciu tabulatorów jako ograniczników. Te opcjonalne pola można wykorzystać do dodania informacji, takich jak region genomowy, wynik i orientacja nici (+/-), ale zawsze konieczne jest wypełnienie pól o niższych numerach przed przejściem do pól o wyższym numerze. Pierwsze z trzech obowiązkowych pól BED służy do oznaczenia chromosomu. Drugie i trzecie obowiązkowe pola służą do oznaczenia pozycji początkowej i końcowej regionu genomowego.
Zastosowanie:BED pliki można odczytywać i modyfikować za pomocą bedtools, aplikacji działającej w wierszu poleceń które mogą działać w środowiskach UNIX, LINUX i Apple OS X. IGV (Integrative Genomics Viewer) to aplikacja oparta na JAVA, która może być używana do obsługi plików BED. UCSC Genome Browser przeglądarka internetowa, do której można wczytać dane z plików BED.

Jak otworzyć plik BED?

Aby otworzyć plik BED, potrzebujesz odpowiedniego oprogramowania, takiego jak Integrated Genome Browser. Bez zainstalowanego odpowiedniego oprogramowania zobaczysz komunikat systemu Windows: „Jak chcesz otworzyć ten plik?” lub „System Windows nie może otworzyć tego pliku” lub podobny wiadomość Mac/iPhone/Android. Jeśli nie możesz otworzyć pliku BED, spróbuj kliknąć go prawym przyciskiem myszy lub przytrzymać go. Następnie kliknij „Otwórz za pomocą” i wybierz żądany program. Możesz też wyświetlić plik BED bezpośrednio w przeglądarce:. Po prostu przeciągnij i upuść plik w oknie przeglądarki.

Przeglądanie online zawartości pliku BED

Wybierz plik .bed do analizy

lub przeciągnij tutaj

Przeglądarka plików online

✈

Przeczytaj o gwarancji prywatności w zasadach FILExt.com i Prywatność Polityka

Zezwól na reklamy w naszej witrynie

Pomaga nam to w utrzymaniu działania naszych serwerów. Następnie prześlij ponownie swój plik, aby go wyświetlić.

Kliknij tutaj, aby zobaczyć, jak wyłączyć blokowanie reklam dla filext.com

Programy do otwierania i konwertowania BED plików:

Integrated Genome Browser от The University of North Carolina at Charlotte
Przeczytaj poprzednie akapity, aby dowiedzieć się więcej o głównej aplikacji. Pliki BED są często powiązane z plikami Integrated Genome Browser_ Data, ponieważ ten typ pliku został pierwotnie utworzony lub używany przez ten program.
InfoSnorkel (internetowy plik danych) od Blue Elephant
BED to rozszerzenie pliku powiązane z InfoSnorkel, aplikacją, która umożliwia użytkownikom dostosowywanie stron z wiadomościami. Plik zawiera dane najprawdopodobniej wyodrębnione ze strony internetowej. Ten format pliku jest sklasyfikowany jako Web (source).
RegionMiner (plik regionów genomowych) od Genomatix Software GmbH
RegionMiner to starsze oprogramowanie do analizy genomu firmy Genomatix Software. Rozszerzenie BED to związane z RegionMiner i składa się z danych odnoszących się do danych genomu analizowanych przez program z jedną linią dla każdego regionu genomu. Ten format pliku jest sklasyfikowany jako Data. Powiązane linki: Format pliku BED

Dane techniczne dla rozszerzenia pliku BED

Klasyfikacja plików:

Data

Połączony:

bedgraph, gz, bigbed, fam, bedpe, bim, zip, txt, refgene, bb, wig, list, tsv, xlsx, gff3, pdf, bad, ped, bam, gff

Spinki do mankietów:

Zintegrowana przeglądarka genomu na stronie Wikipedii

Typ mima:

text/plain

Poniższa lista została skompilowana przy użyciu bazy danych „Associate This!”, wybranych danych z bazy danych FILExt.com oraz informacji o rozszerzeniu pliku wysłanych w użytkowników.

Identyfikator programu: BmcBed.Edit
Plik wykonywalny: %ProgramFiles%\Lover's Eye\bin\BolyEdit.exe

bed plik danych genomowych to specjalny format pliku z The University of North Carolina at Charlotte, który można edytować i zapisywać tylko za pomocą odpowiedniego oprogramowania.

Jak rozwiązywać problemy z plikami BED

Powiąż rozszerzenie pliku BED z odpowiednią aplikacją.
Zaktualizuj oprogramowanie, aby otwierać pliki, takie jak plik danych genomowych. Ponieważ tylko aktualna wersja obsługuje aktualny format pliku BED. Dlatego poszukaj na przykład najnowszej aktualizacji programu Integrated Genome Browser w witrynie programisty The University of North Carolina at Charlotte.
Aby upewnić się, że plik BED nie jest uszkodzony ani zainfekowany wirusem, zeskanuj go za pomocą witryny virustotal.com firmy Google.
Kliknij tutaj, aby otworzyć swój plik .BED online - bezpiecznie, szybko i bez konieczności instalacji oprogramowania.