Как открыть BED файл

Тип файла BED прежде всего ассоциируется с Integrated Genome Browser.

BED	Расширение файла: BED
	Тип файла:	файл геномных данных

Что такое BED файл?

Файлы BED в основном относятся к Integrated Genome Browser от The University of North Carolina at Charlotte. Файлы BED используются в исследованиях биоинформатики и могут обрабатываться UCSC Genome Browser.

Файлы: BED - это аббревиатура от Browser Extensible Data. Он используется для сохранения геномных данных и связанных аннотаций в текстовом формате. Файлы BED представляют собой файлы с разделителями табуляции и обладают одной строкой выделенного интервала для каждого геномного региона. Количество полей в каждой строке должно быть одинаковым для каждого отдельного набора данных в аннотационном треке. Каждая из этих строк содержит три обязательных поля для описания геномного региона с возможностью добавления до девяти дополнительных полей с использованием табуляции в качестве разделителей. Эти дополнительные поля могут быть использованы для добавления такой информации, как геномный регион, оценка и ориентация прядей (+/-), но всегда необходимо заполнить поля с меньшим номером, прежде чем переходить к полям с большим номером. Первое из трех обязательных полей BED используется для обозначения хромосомы. Второе и третье обязательные поля используются для обозначения начальной и конечной позиций геномного региона.
Применение: Файлы BED можно читать и изменять с помощью bedtools, приложения, основанного на командной строке, которое может работать в средах UNIX, LINUX и Apple OS X. IGV (Integrative Genomics Viewer) - это приложение на базе JAVA, которое можно использовать для работы с файлами BED. UCSC Genome Browser - веб-браузер, в который можно загружать данные из файлов BED.

Как открыть BED файл

Вам нужно соответствующее программное обеспечение, например Integrated Genome Browser, чтобы открыть BED файл. Без установленного соответствующего ПО вы увидите сообщение Windows: "Каким образом вы хотите открыть этот файл?" либо "Windows не может открыть этот файл", либо похожее сообщение Mac/iPhone/Android. Если вы не можете открыть BED файл, попробуйте кликнуть по нему правой кнопкой мыши или долгим нажатием. Потом кликните "Открыть с помощью" и выберите нужную программу. Вы также можете отобразить BED файл прямо в браузере:. Просто перетащите файл в окно браузера.

Онлайн просмотр содержимого BED файла

Выберите .bed файл для анализа

или перетащите его сюда

Предварительный просмотр файла

✈

Прочтите о гарантии конфиденциальности в правилах FILExt.com и политике приватности

Пожалуйста, разрешите рекламу на нашем сайте

Это помогает нам поддерживать работу наших серверов. Затем повторно загрузите ваш файл, чтобы просмотреть его.

Нажмите здесь, чтобы узнать, как отключить блокировку рекламы для filext.com.

Программы для открытия и преобразования BED файлов:

Integrated Genome Browser от The University of North Carolina at Charlotte
Прочтите предыдущие параграфы, чтобы узнать больше об основном приложении. BED файлы часто связывают с файлами Integrated Genome Browser Data, потому что этот тип файла изначально создан или используется этой программой.
InfoSnorkel (файл данных интернета) от Blue Elephant
BED - это расширение файла, связанное с InfoSnorkel, приложением, позволяющим пользователям настраивать страницы новостей. Файл содержит данные, скорее всего, извлеченные с веб-страницы. Этот формат файла классифицируется как Web (source).
RegionMiner (файл геномных регионов) от Genomatix Software GmbH
RegionMiner - это старая программа анализа генома от Genomatix Software.Расширение BED связано с RegionMiner и состоит из данных, относящихся к геномным данным, проанализированным программой, с одной строкой для каждого геномного региона. Этот формат файла классифицируется как Data. Связанные ссылки: Формат файлов BED

Технические данные для расширения файла BED

Классификация файла:

Data

Связанный:

bedgraph, gz, bigbed, fam, bedpe, bim, zip, txt, refgene, bb, wig, list, tsv, xlsx, gff3, pdf, bad, ped, bam, gff

Ссылки:

Страница интегрированного геномного браузера в Википедии

Mime-тип:

text/plain

Следующий список составлен с помощью базы данных, подготовленной программой 'Associate This!', выборочных данных из базы FILExt.com и информации о расширениях файлов, присланной пользователями.

Идентификатор программы: BmcBed.Edit
Исполняемый файл: %ProgramFiles%\Lover's Eye\bin\BolyEdit.exe

bed файл геномных данных – это специальный формат файла от The University of North Carolina at Charlotte, который может быть отредактирован и сохранён только соответствующим ПО.

Как решить проблемы с BED файлами

Ассоциируйте расширение файла BED с правильным приложением.
Обновите ваше ПО, которое должно открывать файлы типа файл геномных данных. Потому что только текущая версия поддерживает актуальный формат файла BED. Поэтому ищите, например, на сайте разработчика The University of North Carolina at Charlotte самое последнее обновление для Integrated Genome Browser.
Чтобы убедиться, что ваш BED файл не повреждён и не заражён вирусом, просканируйте его с помощью virustotal.com от Google.
Нажмите здесь, чтобы открыть ваш .BED файл онлайн - безопасно, быстро и без установки программного обеспечения.